Počas septembra došlo na väčšine územia Slovenska k poklesu hladín podzemnej vody a výdatností prameňov. Napriek výskytu zrážok neboli dostatočné na zmiernenie deficitu. Slovenský hydrometeorologický ústav (SHMÚ) uviedol, že 94 percent monitorovaných objektov dosiahlo podpriemerné hodnoty, čo je zhoršenie o štyri percentá oproti augustu. Takmer 17 percent objektov prekročilo dlhodobé minimum.

September bol podpriemerný v povodiach Bodvy, Hornádu, Hrona, Ipľa, Slanej a Váhu. Najhoršia situácia bola v povodiach Bodrogu a Popradu s Dunajcom, kde pretrvával stav sucha. Rovnako ako v roku 2025, aj september 2026 bol z pohľadu podzemnej vody podpriemerný.

Teplotne bol september normálny v povodí Popradu s Dunajcom a v severných častiach povodí Váhu, Hrona, Hornádu a Bodrogu, inde bol teplý. Zrážkovo bol normálny v povodí Váhu v oblasti Malých Karpát, Kysúc a Oravy, suchý vo vysokohorských častiach povodí Hrona, Hornádu a Popradu s Dunajcom, a veľmi suchý v ostatných povodiach, miestami mimoriadne suchý v povodí Bodvy a Bodrogu.

Historické minimá boli zaznamenané v povodí Hrona vo vodomernej stanici Kamenín a v povodí Ipľa vo vodomernej stanici Salka už v prvej dekáde septembra. Dňa 28. septembra 2026 bol na Dunaji vo vodomernej stanici Bratislava podkročený historicky najnižší priemerný denný prietok od roku 1901.

Hladiny tokov boli prevažne ustálené pri nízkych vodných stavoch, na Dunaji došlo v druhej dekáde k miernym vzostupom. Povodňové situácie neboli zaznamenané na žiadnom z monitorovaných tokov.