Prietok Dunaja dosiahol takú nízku úroveň, že už nedokáže zásobovať okolitú prírodu vodou. Rieka teraz funguje skôr ako kanál, ktorý sťahuje vodu z okolitého územia, čo spôsobuje pokles hladiny podzemných vôd v okolí Bratislavy o desiatky centimetrov, miestami až o meter. Ak bude sucho pokračovať, môže dôjsť k poklesu hladiny podzemnej vody aj na Žitnom ostrove. Ochranárske združenie BROZ upozorňuje, že hoci zatiaľ nedošlo k fatálnemu ohrozeniu obrovských zásob podzemnej vody na Podunajsku, situácia by mala slúžiť ako varovný signál. Stabilita povrchovej vody Dunaja je kľúčová pre budúcnosť podzemných zásob, a preto je potrebné prijať opatrenia na ich ochranu.

Klimatológovia predpovedajú zmenu režimu prietoku Dunaja, s častejšími obdobiami nízkych prietokov a zvýšeným rizikom extrémne nízkych prietokov. Niektoré úseky povodia môžu ostať odpojené a vysychať, čo vedie k suchším letným obdobiam a poklesu pôdnej vlhkosti. Tento nesúlad medzi dostupnosťou vody a jej potrebou je dôsledkom klimatickej zmeny.

Pokles hladiny podzemnej vody postihuje aj lužné lesy, najmä mladé porasty. Staršie stromy sú odolnejšie vďaka hlboko zapusteným koreňom, ale aj tie trpia stresom zo sucha, čo znižuje ich odolnosť voči parazitom a patogénom. Prejavuje sa to žltnutím a opadávaním listov, čím stromy šetria vodou.

BROZ sa snaží obnovovať prirodzené porasty lužných lesov a sadiť pôvodné druhy drevín, pričom zlepšuje vodný režim územia. V suchých rokoch však prežíva menej sadeníc, čo si vyžaduje opakované dosádzanie. Sucho tiež podporuje šírenie inváznych rastlín, ktoré ľahko osídľujú suché miesta, ale neznášajú zaplavenie a vysokú hladinu spodnej vody. Šírenie týchto druhov je ďalším efektom sucha.